川岛正雄(赵恒煊 饰)为了扰乱根据地，密谋实施细菌战，他布置好了一切，将日本特种病院作为研制鼠疫细菌的根据地，并找来日本科学家原田太郎(赵顾 饰)进行鼠疫细菌的生产，并行使特务组织进行细菌投放，同时他还敕令岩松四郎(朱玉晓 饰)珍爱好特种病院的安全，谨防共产党地下组织的破坏。根据地发明许多战士和村民生病，症状相似。八路军总部病院的外国专家爱德华大夫认为产生了瘟疫，他向左东升(王宝光 饰)报告，左东升让他们积极展开治疗，并且为了村民着想，决议对感染鼠疫的村庄进行封闭。军民合力展开了对抗鼠疫的大战。但根据地药品缺乏，爱德华大夫希望尽快筹备药品，左东升同时敕令各地敌工站和地下组织积极购买药品，并查找病源，但无奈药品紧缺，再加上抗战形势恶劣，很多病人得不到充沛的药品，朝不保夕。于浩明(海顿 饰)得知了根据地的疫情，告知老顾这可能并非是一场天灾，而是日本进行的细菌战，并且这和川岛正雄以及C计划都密切相关，自己会积极找出培植细菌的地方。而在根据地，村民因为鼠疫产生恐慌，对共产党的封村产生质疑，特务郭奎因趁机煽风点火，村民去找共产党理论，郭奎因行使村民与戎行的抵触之机，在赵尚武(何洋 饰)举枪之时，暗中开枪打死百姓，从而挑起两边抵触加重，矛盾激化。赵尚武向首长说明并非自己开的枪，首长对他们表示信赖，但让他们找出真正开枪的人，洗脱嫌疑。于浩明找到王志东(王磊 饰)让他调查研制鼠疫细菌的事，王志东向于浩明报告有一所日军特种病院非常可疑，于浩明决议前去侦查，怀疑它就是敌人的细菌工厂，他看到在门口与土桥争持的日本人原田太郎，觉得很可疑。原田太郎是位细菌专家，他的两个哥哥马革裹尸，而他很狂妄也很有个性，因为土桥不答应他擅自进来而感到愤怒。特种病院的守卫重重，很难进去，于浩明决议从那里面的人身上上找到突破口，原田太郎的爱人芳子遭到日本军官玷污，原田太郎赶到和他产生激烈抵触，王志东帮他杀死军官，于浩明对他进行劝导，说他没有转头路，并答应包管原田太郎和芳子的安全，原田太郎答应和于浩明合作，帮助他们摧毁细菌仓库。