虽然采取了各类措施，死亡人数仍不竭攀升，伍连德(温兆伦 饰)非常苦恼。调查发明，俄国教堂内有很多沾染鼠疫的教民，历来没有看到他们如何处理尸体。此事引起了伍连德的警觉。 过度劳顿使伍连德咳嗽起来，大家劝他检查并歇息，他不以为然，仍然坚持工作。助手林家伟(刘华鑫 饰)强行为他检查，结果，伍连德被沾染上了鼠疫。 伍连德被沾染鼠疫的消息传遍哈尔滨，民众对控制鼠疫的传布发生了怀疑，姚仲亭(冯谦 饰)派手下人混入百姓中到防疫总站闹事，制作事端。此时，俄文报纸发布普里诺夫(卡尔罗 饰)研制出鼠疫疫苗的消息。 日本人担心俄国人在防疫上抢控局势，派人砸毁了俄国病院的实验室。尤里金(伊万 饰)拊膺切齿，派兵围困了日本领事馆。